分类推进高校改革,实现从分层发展向分类发展转变,是进一步全面深化改革,加快建设教育强国的重要任务。如何优化我国高等教育重点建设政策对高校分层现象的伴生影响,破解其可能存在的消极效应,是亟待研究的问题。研究通过系统梳理高等教育重点建设的发展历程,结合资源支持、重点学科集聚、入学机会贡献等维度,刻画了重点建设政策对高校分层现象的影响,并据此分析了深层次的原因,提出了针对性建议。我国高等教育重点建设在集中力量支持一部分大学、一部分学科迈向世界一流目标的过程中,高等教育系统内学校之间分层现象有所加剧,学校层次结构从梯型演化为金字塔型;高水平学科的学校分布趋于集中;高等教育重点建设政策的身份固化现象可能设定了未入选学校发展的“天花板”,资源流动中的“马太效应”,高校评价中存在的以层次表征水平、以规模表征实力、以排名表征进步等现象是造成学校分层困局的多方面因素。建议推动“重点建设”向“共同发展”转变,大幅度增加高等教育重点建设学校范围、取消以学科为对象的重点建设支持方式,完善以学校类型为基础、以质量和贡献为标准的分类评价体系,是破解高等教育重点建设过程中学校分层困局的可选举措。